1. 光學顯微鏡以可見光為介質，電子顯微鏡以電子束為介質，由于電子束波長遠較可見光小，故電子顯微鏡分辨率遠比光學顯微鏡高。光學顯微鏡放大倍率最高只有約1500倍，掃描式顯微鏡可放大到10000倍以上。

　　2. 根據de Broglie波動理論，電子的波長僅與加速電壓有關：

　　λe=h / mv= h / (2qmV)1/2=12.2 / (V)1/2 (?)

　　在 10 KV 的加速電壓之下，電子的波長僅為0.12?，遠低于可見光的4000 - 7000?，所以電子顯微鏡分辨率自然比光學顯微鏡優越許多，但是掃描式電子顯微鏡的電子束直徑大多在50-100?之間，電子與原子核的彈性散射 (Elastic Scattering) 與非彈性散射 (Inelastic Scattering) 的反應體積又會比原有的電子束直徑增大，因此一般穿透式電子顯微鏡的分辨率比掃描式電子顯微鏡高。

　　3. 掃描式顯微鏡有一重要特色是具有超大的景深(depth of field)，約為光學顯微鏡的300倍，使得掃描式顯微鏡比光學顯微鏡更適合觀察表面起伏程度較大的樣品。

　　4. 掃描式電子顯微鏡，其系統設計由上而下，由電子槍 (Electron Gun) 發射電子束，經過一組磁透鏡聚焦 (Condenser Lens) 聚焦后，用遮蔽孔徑 (Condenser Aperture) 選擇電子束的尺寸(Beam Size)后，通過一組控制電子束的掃描線圈，再透過物鏡 (Objective Lens) 聚焦，打在樣品上，在樣品的上側裝有訊號接收器，用以擇取二次電子 (Secondary Electron) 或背向散射電子 (Backscattered Electron) 成像。

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