中東呼吸綜合征冠狀病毒感染的常規檢測方法是通過實時反轉錄PCR反應和測序鑒定。有適當經驗和生物安全條件的實驗室可以嘗試用細胞分離病毒檢測，但不屬于常規檢測，本指南中未包含病毒分離的步驟。此外，鑒于我國尚無中東呼吸綜合征冠狀病毒標準毒株和血清學檢測試劑，此版技術指南暫不包括血清學檢測內容。

任何中東呼吸綜合征冠狀病毒的檢測都必須在適當條件的實驗室由經過相關技術安全培訓的人員進行操作。

目前病毒核酸的檢測方法主要有檢測E蛋白上游基因（upE）、ORF1b基因和ORF1a基因三種。這些方法均高度敏感，檢測ORF1b基因的方法不如針對ORF1a的方法敏感，但比其更加特異。另外，已確定了中東呼吸綜合征冠狀病毒基因組中位于RNA依賴的RNA聚合酶（RdRp）和衣殼蛋白（N）基因的幾個適合測序驗證的靶序列。

在實驗室要確認一個樣本為陽性，需要滿足以下兩個條件的其中

一個：

（一）至少兩種中東呼吸綜合征冠狀病毒特異性PCR結果陽性；

（二）一種PCR結果為陽性，另外一種PCR產物序列測序，與已知序列相符。

當針對中東呼吸綜合征冠狀病毒的兩種不同的檢測方法結果不一致的時候，應當采用反轉錄PCR擴增，對擴增產物進行測序以確認檢測結果。

陰性結果也不能排除臨床病人的感染，一些因素可能產生假陰性，包括：樣本質量差，比如口咽等部位的呼吸道樣本；樣本收集的過早或過晚；沒有正確的保存、運輸和處理樣本；技術本身存在的原因，如；病毒變異，PCR抑制等。

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